Reimu Hakurei, Marisa Kirisame a obyvatelé Scarlet Devil Mansion spojí své síly, aby postavili dřevěnou vesmírnou raketu poháněnou „silou bohů“. Jejich cílem je odletět na Měsíc a napadnout tamní Měsíční hlavní město (Lunar Capital). Celou invazi sleduje z povzdálí jókai Yukari Yakumo s cílem dosáhnout vlastního prospěchu.

Záhadná postava jménem Kasen Ibaraki se jednoho dne objeví ve svatyni Hakurei, spřátelí se s Reimu a Marisou a začne jim pomáhat. Během příběhu se zabývá svými úvahami o smyslu Gensokya a vnitřními dilematy, zda se vypořádat se svou minulostí, zatímco s nimi prožívá společenská setkání, dobrodružství a řeší incidenty. Manga se zaměřuje na detailní budování Gensókja, prozkoumávání vztahů mezi lidmi a jókai a kombinuje humor a „slice of life“ s detektivními prvky.

Děj se točí kolem Miyoi Okunody, barmanky v hospodě Geidontei v lidské vesnici, která je ve skutečnosti zashiki-warashi (druh jókaie). Příběh sleduje každodenní život, alkoholové dýchánky a drobné záhady obyvatel Gensókja, kteří navštěvují tuto hospodu. Postupně se však odkrývají tajemství kolem identity samotné Miyoi a její schopnosti manipulovat s pamětí opilých hostů. Manga má lehčí, komediální a „slice of life“ atmosféru zaměřenou na kulturu pití, kterou doplňují občasné detektivní a mystické prvky.

Příběh sleduje Kosuzu Motoori, mladou a zvídavou dívku, která pracuje v rodinné knihovně a antikvariátu Suzunaan. Kosuzu disponuje vzácnou schopností dešifrovat a přečíst jakýkoliv text, bez ohledu na jazyk či písmo. Tato schopnost ji však vtáhne do nebezpečného světa tzv. jóma knih – magických svazků, které napsali jókaiové nebo které jókaie přímo obsahují. Jakmile Kosuzu tyto zakázané texty ze zvědavosti otevírá, nevědomky tím uvolňuje nadpřirozené entity a způsobuje různé incidenty. Do situace se proto pravidelně vkládají Reimu Hakurei a Marisa Kirisame, které se snaží následky jejích činů napravit a udržet balanc Gensókja mezi lidmi a jókai.